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3月12日，刚刚获得国家最高科技奖奖励的我国著名科学家袁隆平院士在考察中科院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心时说：“借助先进的基因组研究平台，促进分子育种和常规育种技术的结合，必将对中国超级杂交水稻的研究起到极大促进作用。”
袁隆平院士在考察了北京华大基因世界一流的基因测序实验室和听取了"超级杂交水稻基因组计划"进展情况汇报之后，非常高兴的说：“你们这个项目最大的特点，也是最大的优点是始终与生产实践紧密结合，而不是仅仅着眼于自己的领域，这可以使我们的农业生产尽快的从这个研究中受益，也会使研究本身有更明确的方向性，加速它的进展。”
"超级杂交水稻基因组计划"是由国家杂交水稻研究中心、北京华大基因研究中心和中科院遗传所植物生物技术实验室三家单位联合开展的研究项目，其目的是通过获取我国高产超级杂交水稻的基本遗传信息，开发包括丰产、优质、抗病、耐逆、育性、成熟期有关的资源和功能等重要农艺性状的基因。具体目标是：（1）90％覆盖率的水稻基因组序列框架图；（2）开发包括单核苷酸多态性在内的DNA遗传标记物和水稻的遗传图谱；（3）建立我国杂交水稻的基因表达图谱并鉴定其重要和特有基因；（4）建立我国水稻的遗传谱系和杂交水稻种子基因信息库；（5）阐明水稻杂种优势的分子机制。
水稻是禾本科中基因组最小（约4.3亿对碱基）的模式植物，通过水稻基因组学研究将有助于了解其它重要经济作物（如小麦、玉米、谷子、高粱）基因组中的相关基因，从而带动整个粮食作物的基础与应用研究。
保护、利用和开发我国宝贵的生物多样性资源的一个重要和关键步骤就是将群体和种质资源转变为生物信息资源，即DNA序列资源。
袁隆平院士认为在分子水平、基因水平上揭示超级杂交水稻高产的机理，解释农作物品种的杂种优势机制，不但在育种理论上具有重大意义，而且也将有助于传统杂交育种技术的改进。尽管目前国际上水稻基因组研究竞争非常激烈，但中国有自己的独特优势，一是我们目前开展的SNPs等比较性研究比较早，而且和我们的生产实践结合的很紧，这部分成果很快就可以转化到生产中去。二是我们的种质优势，超级杂交稻是我们自己独有的品种，这个优势是别人所不能比的，"先有事实，后有理论"，我们可以通过实践-理论-再实践这样一个螺旋式上升进步过程使我们的水稻品种得到更大改良，产量更高，品质更好。
美国一位学者曾经在一个国际学术会议上忧心忡忡的发问：未来谁来养活中国？袁隆平院士用他的科学实践给出了响亮的答案--依靠我们中国人自己，依靠科技进步。而超级杂交水稻的下一步研究，就将和现代分子育种、基因工程技术结合，为传统杂交改良技术插上翅膀。袁隆平院士所领导的国家杂交水稻试验室也已经成立了一个新的分子育种实验室，将和华大基因进一步加深合作，将形态改良和杂种优势在分子育种水平上很好的结合起来，将是杂交水稻研究的下一个突破口所在。
由于超级杂交水稻大面积亩产已经达到了700公斤，而小面积试验更是达到了亩产800公斤以上，因此有些人对其进一步提高的潜力和可能性提出了疑问。但袁隆平院士指出，仅以长沙的日照和温度、水分条件为例，在达到2.5%的光能利用率的情况下，早稻产量可以达到1000公斤/亩，晚稻和中稻更可以达到1200-1500公斤/亩，袁先生在云南进行的小面积试验中，在保持品质优良的条件下，水稻亩产达到了1139公斤，而其光能利用率仅为2.1%。因此，基因工程和传统育种技术的结合，在中国农作物品种改良研究中将大有可为。
"超级杂交水稻基因组计划"的迅速进展也引起了国内外投资人士的极大关注，袁隆平院士认为这一方面是因为对传统农业的改造将是"基因技术"最直接最快的转化形式之一，另一方面也是因为参与这项计划的三家合作单位均为各自所在领域的权威，"强强联�"和"优势互补"也将是今后各个跨学科、跨领域研究项目的必由之路。
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