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 （一）
水稻是最重要的粮食作物之一，世界上一半以上的人口以之为生。水稻产量、品质的提高，对于国计民生、社会稳定与粮食安全都具有至关重要的意义。
中国是世界上最早种植水稻的国家。浙江省宁波市河姆渡遗址所发现的水稻种子，证明中华民族在7000－8000年以前就已经把野生水稻培育成农作物，中华民族的祖先为水稻的培植做出了开创性的贡献。
中国也是世界上水稻种植面积最大的国家之一。袁隆平院士培育的超级杂交水稻，比其它品种的水稻增产20－30％，为解决我国及世界的粮食问题做出了新的重大贡献。
（二）
一个生物的全基因组序列蕴藏着这一生物的起源、进化、发育、生理、以及与所有遗传性状有关的重要信息。所有这些重要的信息都写在由4种碱基（A、T、C、G）组成的基因组DNA那条长长的双链上。正因为如此,2000年人类基因组序列框架图的完成被誉为"解析生命的天书"、人类自然科学史上的"重要里程碑"。
水稻基因组序列也同样蕴藏着与水稻的高产优质、美味香色，以及与生长期和其他生长特征、抗病抗虫、耐旱耐涝、抗倒伏等所有性状的遗传信息。解析水稻基因组序列，是改进水稻品质、提高水稻产量的必不可少的前提与基础。对籼稻的研究对我国尤为重要，因为籼稻及以籼稻为主要遗传背景的杂交稻是中国及东南亚国家主要栽培物。以日本牵头�"国际水稻基因组协作组"与国外两家大公司开始投入巨资测定水稻（粳稻）基因组，其中Syngenta公司的文章将与我国的文章在同期杂志上发表。
（三）
国际著名的美国《科学》杂志2002年4月5日以14页的篇幅发表的科学专论--《水稻（籼稻）基因组的工作框架序列图》，是由北京、杭州华大基因研究中心暨中国科学院基因组信息学中心、中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国杂交水稻研发中心等12个单位合作完成的。该期《科学》杂志的封面是青山衬托之下的一片金灿灿的中国水稻梯田；杂志内巨幅彩页最中心的位置是中国河姆渡出土的7000多年前的水稻种子。华大基因研究中心的数据网页列在首要的位置。
这一期《科学》杂志社论称水稻基因组框架图的论文为这一领域里"具有最重要意义的里程碑性工作"，对"新世纪人类的健康与生存具有全球性的影响"，"永远改变了我们对植物学的研究"，并祝贺论文作者"对科学与人类的里程碑性的贡献"。
（四）
水稻（籼稻）基因工作框架图是继人类基因组之后完成测定的最大的基因组，也是迄今测定的最大植物基因组。论文报道的工作框架图序列已基本覆盖了水稻的整个基因组、92％以上的水稻基因。包括中国华大基因研究中心在内的各国科学家正在努力进行水稻基因组序�"完成图"的工作，还将补充一些细节，但人类第一次对水稻已经有了全基因组层次的了解，水稻基因组的总体特点已经清晰。除了技术上的创新之外，中国"水稻（籼稻）工作框架序列图"与人类、拟南芥等已经测定的基因组序列进行比较，主要有八大发现：
1. 水稻基因数目多 通过对水稻基因组序列框架图的详尽分析，估计水稻基因组中基因总数在46，022至55，615之间，并基本确定了其中一万多个基因的功能。其基因总数几乎是人类基因组基因总数的两倍。正如美国华盛顿大学王刚博士所说："我们津津乐道于人类自己基因组的优越时，可至少在基因数目上已输给了养活人类的水�"。
2. "基因家族" 成员多 在进化过程中，水稻基因主要通过基因加倍而使"基因家族"的成员数目增加，但每一"成员"的功能比较单一。而人类主要通过一个基因产生多个不同的"编辑"产物。可以这样比喻：人类的基因就好像一把多功能军刀，它可以让你用一个基因干很多不同的事；如果你没有多功能军刀，那你只能在口袋里携带一大堆工具，就像水稻基因那样。
3. 基因头尾差别大 大部分水稻基因的头部与尾部组成不一样。头部的GC含量要比尾部高出四分之一。编码某个氨基酸所使用的遗传密码子偏向性不同。而在已测定的拟南芥基因组中基因的头部和尾部的GC组成与密码子的使用偏向性基本相似。这种差异增加了基因发现的难度。水稻基因组中的小基因难以发现，而人类基因组中的大基因则难以发现。
4. "垃圾"多在基因外 水稻、拟南芥与人类基因组都有很多不编码蛋白质的"垃圾"序列。
水稻的这些"垃圾"序列多位于基因之外，而人类却在基因之内。正因为如此，水稻基因的平均长度只有4,500个碱基，而人类基因的平均长度为72,000个碱基。可是这些"垃圾"里面肯定有"宝贝"。"杂种优势"的奥秘很可能与这些"垃圾"中的"宝贝"有关。
5. 禾本植物差别大 都属于禾本科的水稻、小麦、高粱、玉米等是单子叶植物，拟南芥、大豆等是双子叶植物。拟南芥已发现有25,000个基因，百分之八十左右的基因在水稻的基因组中都可找到；而水稻基因组中只有一半不到的基因在拟南芥基因组中找到，找不到的基因中有相当一部分是新的基因。
6. 籼稻粳稻不一样 六分之一的籼稻与粳稻的基因组不一样。而不一样的区域主要为多个备份的"移动因子"的不同。
7. 水稻序列变异多 水稻相互之间的差异近百分之一，而人类序列的相互差异为千分之一左右。这些序列差异为育种提供了非常重要的分子标记。
8. "杂交优势"露端倪 籼稻与杂交水稻母本的序列给杂交水稻的机制提供了新的启示�"杂交优势"很可能与基因组大小、组分、基因表达等都有关系。据杂交水稻的基因的"表达谱"的初步分析，在父本、母本及杂种后代有很大不同。"杂交优势"很可能与基因"表达谱"也有关系。
（五）
水稻（籼稻）的"序列工作框架图"是所有参与者通力协作、尽力拼搏、呕心沥血的结晶！
这一工作的计划是华大基因研究中心于2000年5月在完成人类基因组的"北京区域"工作框架图之后宣布的。这一工作的预实验与
运作的准备花了近一年时间。华大基因研究中心在大规模测序的技术路线、人员培训、运行管理、质量控制、降低成本，以及组装、分析软件的开发、改进、训练、调试等各方面做好了充分的前期工作。在改进工艺、增大通量、降低成本、开发软件等四方面有了重大创新与提高，并积累了相当于一个水稻基因组大小的序列实际运作与数据分析的经验。
水稻基因组的大规模测序于2001年7月1日正式开始。由胡松年、邓亚军、陈艳炯、李琳、刘建平、刘静、吴婷婷、李显然、崔鹏等率领的测序部工作人员改进工艺、充分挖潜、日夜奋战，共制备了55个测序文库，把产量、质量的记录不断刷新，最后达到连续稳定日产3000万碱基（相当于整个人类基因组的1％）的水平。不仅保证了原始数据的如期提供，而且使测序成本降低到中�"人类基因组计划"的三分之一。到2001年9月18日第一次数据冻结时，已将籼稻的代表性品种--杂交水稻的父本品种测定了4次以上。
2001年初成立的杭州华大基因研究中心暨浙江省生物信息重点实验室、浙江大学生物信息学研究中心以崭新的设备和充足的资金为测序做出了75％以上的贡献。
王俊、倪培相、韩玉军、张建国、陶林、谭军、叶辰、童维、黄显刚、周燕等生物信息部工作人员通宵达旦，连续工作100多个日日夜夜，完成了海量数据的组装与基因组分析。国庆、元旦、春节等三个节假日都是在计算机房里度过。深夜腹饥，吃包方便面；疲惫不堪，支开行军床躺一会儿。前来探望的家属，无不为自己亲人的精神所感动；有的家属还陪同值夜班。
整个项目的总协调人、战略与技术总指导是于军副主任与王刚博士，他们还负责论文的撰写与修改；华大兼职教授、北京大学生命科学院教授李松岗负责新的组装软件的构思与设计；国家杂交水稻研究中心以及中国科学院遗传与发育研究所提供了全部的生物资源与生物功能的数据；华大兼职教授、中国科学院理论物理所教授郝伯林院士与郑伟谋教授负责基因的注释；中国工程院院士、美籍华人吴瑞先生多次为论文精心修改、润色；中国科学院计算机所提供国产曙光2000、曙光3000超级计算机与技术保障，以及中国神州数码的支持都为数据分析立下大功；北京、杭州华大基因研究中心各部门的500多名工作人员及来自浙江大学、北京大学、西安交通大学、中国科学院等兄弟所的工作人员都为这一项目的完成做出了他们的贡献。
华大基因研究中心的国际顾问博伦教授（L. Bolund）、兰德教授（E.
Lander）、金教授（M. King）、奥尔森教授（ M. Olson）、华特斯德教授（R. Waterston）自始至终为这一项目出谋划策，全力支持。
这一工作得到了中国科学院、科技部、自然科学基金委、浙江省政府、杭州市政府与北京市政府的重视与支持。
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