"超级杂交水稻基因组计划"是由国家杂交水稻研究中心、华大基因研究中心和中科院遗传所植物生物技术实验室三家单位联合开展的研究项目，其目的是通过获取我国高产超级杂交水稻的基本遗传信息，开发包括丰产、优质、抗病、耐逆、育性、成熟期有关的资源和功能等重要农艺性状的基因。具体目标是：（1）90％覆盖率的水稻基因组序列框架图；（2）开发包括单核苷酸多态性在内的DNA遗传标记物和水稻的遗传图谱；（3）建立我国杂交水稻的基因表达图谱并鉴定其重要和特有基因；（4）建立我国水稻的遗传谱系和杂交水稻种子基因信息库；（5）阐明水稻杂种优势的分子机制。
水稻是禾本科中基因组最小（约4.3亿对碱基）的模式植物，通过水稻基因组学研究将有助于了解其它重要经济作物（如小麦、玉米、谷子、高粱）基因组中的相关基因，从而带动整个粮食作物的基础与应用研究。 保护、利用和开发我国宝贵的生物多样性资源的一个重要和关键步骤就是将群体和种质资源转变为生物信息资源，即DNA序列资源。
　　在分子水平、基因水平上揭示超级杂交水稻高产的机理，解释农作物品种的杂种优势机制，不但在育种理论上具有重大意义，而且也将有助于传统杂交育种技术的改进。我国开展的SNPs等比较性研究比较早，而且和生产实践结合的很紧，这部分成果很快就可以转化到生产中去。超级杂交稻是我国独有的品种，这个优势是别人所不能比的，"先有事实，后有理论"，我们可以通过实践-理论-再实践这样一个螺旋式上升进步过程使我们的水稻品种得到更大改良，产量更高，品质更好。
　　由于超级杂交水稻大面积亩产已经达到了700公斤，而小面积试验更是达到了亩产800公斤以上，因此有些人对其进一步提高的潜力和可能性提出了疑问。但袁隆平院士指出，仅以长沙的日照和温度、水分条件为例，在达到2.5%的光能利用率的情况下，早稻产量可以达到1000公斤/亩，晚稻和中稻更可以达到1200-1500公斤/亩，袁先生在云南进行的小面积试验中，在保持品质优良的条件下，水稻亩产达到了1139公斤，而其光能利用率仅为2.1%。因此，基因工程和传统育种技术的结合，在中国农作物品种改良研究中将大有可为。
　　截至2000年底，研究工作已取得可喜的阶段性成果。共测了近五亿个碱基对，找到了三百五十二个与抗性基因相关的位点、二千二百六十九个与蛋白受体激酶相关的位点、二千六百六十三个与激素代谢相关的位点。值得一提的是，通过测序发现了与光合作用相关的基因位点，而光合作用与超高产密切相关。
　　项目目前正在对有关数据进行整理，对已定位的基因进行深入的功能鉴定和分析，并构建ＤＮＡ库。